碳中和研究院实行院长负责制。由研究院院长、副院长、研究中心主任等组成院务委员会负责具体运行管理。
院长：陈镜明院士
常务副院长：陈庆华教授
副院长：李宝银教授、杨玉盛教授、黄志群教授、黄志高教授、钱庆荣教授、王远教授、林旭霞教授
研究院按研究方向设气候变化与陆地碳汇、清洁能源和节能减碳、节材增效与固废资源化、碳汇计量与碳排放核查、碳达峰碳中和政策与法律5个研究中心。中心主任分别由黄志群教授、黄志高教授、钱庆荣教授、王远教授、林旭霞教授担任。
研究人员由地理科学学院、环境科学与工程学院、物理与能源学院、化学与材料学院、生命科学学院、数学与统计学院、计算机与网络空间安全学院、光电与信息工程学院、经济学院、法学院、马克思主义学院、体育科学学院等单位选聘的科研人员组成。
气候变化与陆地碳汇中心：陈镜明 柳竞先 黄志群 方克艳 施秀珍 商荣 曾宏达 陈志雄 陈志杰 缪国芳 付仕佐 汪洋 程志强 万晓华 王建青 王荣 余再鹏 杨梦淼 程叙耕 王军 杨平
节材增效与固废资源化：陈庆华 钱庆荣 薛珲 陈育明 李小燕 杨民权 罗永晋 曾令兴 甘晖
清洁能源与节能减碳中心：黄志高 陈桂林 刘金养 陈大钦 黄烽 黄艺吟 李加新 卫东 姚胡蓉 王志斌 郑力拓
碳汇计量与碳排放核查中心：王远 杨玉盛 陈光水 吴福忠 林伟盛 吴勇 谢锦升 钟小剑 倪友聪 杨智杰 陈仕东 李王彪 郑清洪 吕茂奎 汪旭明 陈志杰 王小红
碳达峰碳中和政策与法律中心：林旭霞 杨垠红 林烺 蔡菲莹 董学智 林诚 龙俊 邱思萍 李军军 施志源 郑清英 蔡华杰 陈永森 黎元生 郑丽珍 纪圣驹
微生物固碳与海洋碳汇研究中心：陈必链 王明兹 林岗 饶小珍 何勇锦 薛婷 方静平 郑明敏 陈慧斌 陈多
